Dans la forêt de FernGully, Crysta une petite fée, apprend la magie des plantes et l'histoire de son peuple. L'esprit Magie-lune protège l'équilibre du clan des fées. Crysta décide de partir à l'aventure sur la montagne du danger, où elle rencontrera Zak, un jeune humain. En voulant l'aider, elle lui jeta un sort qui le fit devenir aussi petit qu'elle. Elle le ramènera alors dans la forêt. Zak faisait partie de l'équipe chargée de raser la forêt. La fée Crysta lui apprend comment vivre en harmonie avec la nature, puis il s'attache à la forêt et renonce à raser les arbres. Malheureusement, les autres humains continuent de la raser et libèrent Hexxus, le génie de la destruction. C'est ensemble que Zak et Crysta vont essayer d'empêcher les humains et l'esprit du mal de détruire la forêt.