Colt et Tum Tum passent leurs vacances, comme chaque été, chez leur grand-père Rocky, qui les a initiés aux arts martiaux et aux techniques de combat ninjas. Chez lui, ils font la connaissance d'une jeune Indienne, Jo. Après avoir porté secours à cette jeune fille, les trois Ninjas apprennent que ses assaillants sont, en fait, à la solde d'un certain Jack Harding, homme d'affaires douteux, n'hésitant pas à employer des méthodes musclées. Celui-ci a fait enlever Charlie, le père de Jo, qui tentait de l'empêcher de se débarasser de déchets toxiques dans la campagne. Charlie s'est, malgré tout, emparé d'une disquette contenant des informations compromettantes. Les trois Ninjas se portent à son secours.