Godzilla revient dans un film totalement original qui fait table rase des films précédents hormis le "Godzilla" original, avec cependant une nouvelle apparence et un rayon atomique. Cette fois il se bat contre une mystérieuse soucoupe volante qui se transforme par la suite en un mystérieux animal surnommé Orga. La bataille finale aura lieu dans la ville de Shinjuku.