La chute d'une météorite ramène à la vie, Godzilla et le monstre Battra, dont la mission est de défendre la Terre quitte à détruire l'humanité qui la pollue. En même temps, l'oeuf de Mothra est découvert sur l'île tropicale Infant Island et acheminé vers le Japon en compagnie de ses deux minuscules gardiennes, les Cosmos. Il éclôt en cours de route, au moment où Godzilla et Battra s'affrontent autour de lui. Alors que ces derniers sont engloutis tous deux par une éruption volcanique sous-marine, la chenille de Mothra retourne dans son île. Battra réapparaît, vient dévaster une partie du Japon puis s'en retourne. Quant à Godzilla, après un petit crawl dans les courants de lave sous la croûte terrestre, le voici qui fait surface au mont Fuji ! Pendant ce temps, une grande compagnie a mis la main sur les Cosmos et celles-ci, se sentant séquestrées, appellent Mothra à leur aide ....