L'histoire se déroule au début du printemps, en 1928, soit trois ans après les événements du premier film et quelques mois après ceux du second. Kodi est le fils de Balto, travaillant dans l'attelage de la poste, travail qu'il vient tout juste d'avoir et qu'il aime. Quant à Balto, il est intrigué par l'arrivée d'un avion à Nome. Balto avoue qu'il a toujours rêver de voler. Néanmoins, l'arrivée de l'avion n'enchante pas les chiens de la poste et leurs soupçons sont confirmés lorsque le pilote, Duke, propose de distribuer le courrier, le traîneau étant quelques fois en retard à cause du climat. Pendant ce temps là, Boris tombe amoureux d'une oie prénommé Stella. Celle-ci lui propose de voler avec lui. Boris accepte mais il a le vertige et ne sait voler qu'à basse altitude. Malgré les efforts de Balto, Boris n'y arrive pas et commence à mentir à Stella sur une soi-disant blessure à une aile. Les propriétaires des chiens tentent de s'expliquer avec le directeur de la poste. Il est alors décidé d'organiser une course pour déterminer qui est le plus rapide entre l'avion ou les chiens. Les membres du groupe sont rassurés car ils restent une chance de conserver leurs postes. Les chiens décident qu'il faudrait quelqu'un d'expérience et de très rapide pour mener l'attelage et le choix se porte, sans grande surprise, sur Balto.