Zatoichi se retrouve bien malgré lui à assister à une cérémonie d'un clan yakuza dont le chef, aveugle lui aussi, est surnommé "le shogun de l'ombre". Le "parrain Zatoichi" est d'abord accueilli avec bienveillance, puis méfiance lorsque le groupe s'aperçoit de ses opinions très personnelles. Le "shogun de l'ombre" décide d'envoyer une tueuse contre Zatoichi, pour le séduire et ensuite l'assassiner. Mais celui-ci va en tomber amoureux ....