En 2027, une année après la fin de la non-nucléaire guerre mondiale IV, une bombe a explosé à Newport City, tuant un important marchand d'armes qui peut avoir des liens avec la mystérieuse Organisation 501. Le responsable de la sécurité publique, Daisuke Aramaki, emploie l'utilisateur et l'intrus hacker extraordinaire Motoko Kusanagi pour enquêter.